史载红九军有三支。一支为鄂北地区红九军。1930年7月，出襄、枣、宜等地的红军游击队组成红九军第二十六师，张香山担任师长，余益庵担任政治委员，何尚志担任参谋长。下辖4个团，共500余人。部队在战斗中不断发展壮大，打下蔡阳等三市镇后，仅枪支就猛增至3000余支。1931年初，中央派赵侗担任师长，参与红九军第二十六师的第二阶段斗争。1931年9月，在均县、房县地区活动的红三军教导团与当地游击队合编为红九军第二十五师，师长汤穆禹，政治委员朱勉之。1932年春，正式成立红九军军部，总指挥张木阡，政治委员马三光，参谋长韦克铎。不久，红二十五师即由房县转移到洪湖地区，编入红三军第八、第九师；红二十六师改编为襄枣宜第一、第二路游击军，红九军番号即行取消。
第二支为闽西红九军。1930年3月，闽西工农兵第一次代表大会通过决议，将闽西各县赤卫团、队改编为红九军。军长邓毅刚，政治委员高静山，参谋长郑益，政治部主任陈正。下辖5个团，龙岩编第一团，上杭编第二团，永定编第三团，连城编第四团，武北、汀南合编为第五团。全军共约3000人，2000多支枪。1930年5月，奉党中央指示，红九军番号取消，改称红十二军。
第三支是红四方面军的红九军。1933年6月底7月初，红四方面军在四川省南江县召开军事会议，通过了将师扩编为军的决议。其中，第十二师连同巴中地区的地方武装合编为第九军。军长何畏，政治委员詹才芳，副军长许世友，参谋长王学礼，政治部主任王新亭。辖有二十五、二十七两个师和随后组建的第二十六师，共1万余人。1935年5月参加红四方面军长征后，红九军整编为4个师另2个团。1936年11月中旬，编入西路军序列，转战甘肃省河西地区。