伊斯兰的传播史上并无“台湾伊斯兰”或“台湾穆斯林”的记载，因为伊斯兰世界是指西起西北非、中非、北非、东非、阿拉伯世界、土耳其、伊朗、中亚、印度、巴基斯坦、东南亚马来世界、中国的新疆等区域，以穆斯林人口为主体之国家或地区，台湾并非伊斯兰世界的一部分。台湾的汉语穆斯林属于宗教少数群体，中文史料也鲜少记录穆斯林进入台湾本岛；间接资料显示，中国穆斯林进入台湾只有两阶段：　　第一阶段是在1661年左右（明朝末年），郑成功在台湾建立政权时，当时一些福建的穆斯林家族随著国姓爷进入台湾。这些穆斯林的后代大多散居在台湾西岸的城镇，如鹿港、基隆、苏澳、淡水、彰化等地，主要以渔耕为生，为台湾最早之穆斯林，但因长期与中国大陆及伊斯兰世界的穆斯林社群交流切断，渐渐同化于汉人的宗教、社会传统中，伊斯兰信仰认同也随之消失。　　第二阶段是在1949年，中国大陆各地大约有2万多位穆斯林（或称7万多人），随著国民党政府撤退而来，主要集中在台北、台中、高雄等大都市，这些穆斯林大部分是国民党员，并从事公职，尤其是军旅与外交、“国会”等重要部门。他们到台湾后，形成一个穆斯林少数群体的社群。在“忠党爱国”、“政教分离”、“尊崇儒家”的口号下，伊斯兰在台湾的发展并无实质的表现。根据西方学者的观察，伊斯兰基本的五功（念、礼、斋、课、朝）等宗教传统似乎沒有被全然地遵守，宗教仪式对穆斯林个人亦无多大约束。　　日据时期也沒有穆斯林社群存在的相关记载，穆斯林大都散居于汉人社群中。根据连橫《台湾通史》记载，20世纪初期的台湾，不见有伊斯兰的传教，穆斯林相当少，大多来自中国大陆。台湾穆斯林与一般汉人混居而同化于其社群的现象最明显的例子是鹿港一处郭家渔村。郭家村人自称其祖先为穆斯林，虽然后代子孙已改信佛教或一般中国民间信仰，并且对伊斯兰一无所知。然而，他们在祭拜祖先时卻不用豬肉，表示对先祖的尊重，这是一个很明显的同化例子。　　绝大多数的中国穆斯林对伊斯兰法及教义并不了解，因为他们生活在一个非伊斯兰的环境中，并沒有接受传统的伊斯兰经学教育，甚至连古兰经、圣训都不知道，更遑论伊斯兰法，这种现象一直到民国时期对外交通开放后才有所改变。　　基隆也有穆斯林后裔将阿拉伯文的古兰经供奉在祖先的神案上，这些人并不懂阿拉伯文，也不知那是古兰经，只认为这是历代祖先流传下来的传家宝圣书。西方学者也发现在台南地区有几戶人家在丧葬的礼仪完全遵守伊斯兰的规矩，但这些穆斯林的后代已完全同化成为一般的台湾汉人，只不过保留了几个伊斯兰仪式的跡象而已。这种同化的现象除因为与伊斯兰世界隔绝所致，另一个原因是与非穆斯林的通婚而融入汉人传统中。这显示早期伊斯兰虽然随中国大陆穆斯林而传入台湾，但是其传统卻因为沒有宣教活动或宗教教育机构得以保留下来。　　中国自五四运动后，一向标榜科技理性，去除宗教迷信。国民党政府对宗教所采取的态度仍属汉代的“独尊儒家”（新儒家）。在这种情況下，非正统宗教，尤其是新兴宗教，或非汉人宗教常不受到注重，甚至于被视为異端。然而，由于迁台的穆斯林不少在政府部门位居要职，而且中华民国政府早期又与一些阿拉伯国家维持邦交关系，因此伊斯兰虽然不被打压，但也能平和地生存下去。台北大清真寺的建立，固然是阿拉伯国家所捐助建盖，但它的建立似乎并无带动伊斯兰在台湾岛內的传播发展。　　随著国民政府来台的中国回教协会源自于1937年在中国大陆所成立的组织，成员干部很多是政府官员（新儒家学说的支持者）；自1959年以来比较具体的宗教活动成果是完成两部古兰经的翻译及出版供教胞使用的伊斯兰基本教义的宣传品，也出版双月刊《中国回教》杂志，服务穆斯林社群。　　台湾穆斯林的组织除中国回教协会外，中国回教青年会是另一个机构，成立于中日战爭时期的中国东北地区，主旨在团结穆斯林青年参与战爭。根据观察，中国回教青年会成员似乎比中国回教协会的成员更为汉化，尤其在礼拜宣教时尽量采用中文，并且也采纳汉人民间的一些传统风俗，如丧礼方面。中国回教青年会在台北建有文化清真寺，虽不具规模，卻有对青年做文化宣传的功能。中国回教青年会的成员常被中国回教协会成员否定其宗教的认同，甚至斥之为異端创新；就穆斯林居住在非伊斯兰境域（称为Dar al-Harb，即战爭境域），教道穆斯林如何把持宗教信仰的教法来看，中国回教青年会成员似乎向異教做较大的妥协，原因之一可能是鲜少与伊斯兰世界接触。　　虽然中国回教协会与中国回教青年会皆未曾积极对外传教，但仍有一些改宗者，主要途径是通婚。然而，改宗者是否成为一个全然的穆斯林，力行伊斯兰教义、法规，则值得探讨研究，毕竟在台湾无法像在其他伊斯兰国家中有集体的社群压力以规范改宗者全然地改变宗教信仰与生活。　　台北清真寺足夠容纳台北市穆斯林作礼拜所需，然而又有文化清真寺的产生，无疑是地方派系所致。台北清真寺与北京牛街清真寺的阿訇（Akhund）体系有直接关系，而文化清真寺的主持者则来自东北沈阳之穆斯林社群，基本上这二个社群的宗教人士对伊斯兰的认知不同，尤其在所谓现代化的议题上。　　台北大清真寺建立之初衷在接待穆斯林国家的重要外宾，更是对外国际政治关系运作的工具，固定接受“政府”及国民党的补助，因此有如半官方的机构。文化清真寺则完全由私人捐款建盖，是属于“人民的清真寺”，比较不在乎与“政府”配合而专注于宗教活动。因此文化清真寺的成员常指责台北大清真寺的支持者为政治的附庸而缺乏伊斯兰精神信仰的修持。在仪式方面，台北大清真寺与文化清真寺的宗教活动也有歧见，特别是在节庆、丧礼的仪式方面。台北大清真寺因为与阿拉伯国家较有接触，1970年中，清真寺伊玛目（教长，Imam）由华裔沙乌地籍宗教学者马吉祥担任。沙特阿拉伯自建国以来就强调执行瓦哈比（Wahhabiyyah）之原教旨主义（Salafiyyah）采行严苛的汉巴里法学派（Hanbalism）。因此常常对非阿拉伯式的伊斯兰仪式、传统予以批判，台北清真寺的支持者在沙乌地籍伊玛目的带领下，似乎较倾向中东的伊斯兰教义、仪式的实践。而文化清真寺的伊玛目在主持仪式时，常会采取汉人的民俗传统，如拿香祭拜、为亡者走坟及念古兰经拿钱等。台北大清真寺所举行的宗教仪式在与阿拉伯国家接触后（派遣经学生到沙乌地、利比亚留学，研习伊斯兰经学），对传统中国穆斯林所遗留下来的仪式有所谓淨化的倾向，尚有一些外在政治力量的介入，道致两寺的较劲冲突。然而，随著时间消逝、主事者的去世，文化清真寺步入凋零，现今甚少本地穆斯林前往做礼拜，只有一些东南亚外劳，或南亚穆斯林以此作为其社群活动场所。　　严格而言，与伊斯兰中土（中东地区）相比，台湾似乎只有穆斯林，而无伊斯兰。“內政部”的调查资料，1970年代以来，穆斯林人口锐減，正式登记的穆斯林人口只有2千多人。早期相当多的年轻穆斯林前往阿拉伯国家留学；如今，新生代的穆斯林则少有意愿者。各地清真寺也沦为少数虔诚穆斯林的宗教活动空间。步入21世纪，台湾的穆斯林社群呈现衰微现象，伊斯兰的传统似乎逐渐凋零，不少新生代穆斯林出教，甚至改宗信仰其他宗教，不少人到中国大陆定居，或移民到别的国家。这也是台湾穆斯林社群萎缩的原因。虽然，中国大陆移民来的穆斯林人口递減，但是外籍的穆斯林透过通婚，或是经商、工作定居于台湾，逐渐形成一个新的穆斯林社群。但新、旧社群之间未必有交集。