马拉松开始于雅典，今天人们看长跑只是一项运动，而当时的长跑却关乎一个国家的命运。

公元前492年至公元前449年，在爱琴海地区，曾发生过一次大规模的战争——希波战争。以雅典为首的希腊城邦，团结一致，英勇奋战，终于打败了波斯帝国的侵略，捍卫了自己的独立。希波战争是小国打败了大国，弱国打败强国的一个范例。马拉松战役，是希波战争中的重要战役之一。
波斯帝国自公元前6世纪中叶兴起后大肆扩张，小亚细亚沿岸的希腊诸邦于公元前6世纪中叶被并入波斯帝国版图。公元前512年，波斯皇帝大流士一世占领了色雷斯，控制了黑海入口处。黑海沿岸是希腊粮食、奴隶和原料的主要供应地。大流士一世的入侵，使希腊的经济活动遭到严重打击，当时已归附于波斯的腓尼基人也乘机排斥、侵占希腊的海外商业利益。所以，希腊和波斯之间的矛盾日益激化，战争一触即发。
公元前499年，米利都人因忍受不了波斯的压迫，发动了起义。雅典立即派出25艘战舰前往支援，其他小亚细亚希腊城邦也纷纷响应。大流士慌忙调遣军队，实行血腥镇压。由于双方力量过于悬殊，起义不幸失败。波斯军队大肆烧杀，昔日繁华的米利都城遭到严重的破坏。

公元前492年，大流士一世以惩罚雅典援助米利都起义为由，分水陆两路入侵希腊。波斯水军进抵希腊半岛的阿陀斯海角，突然遭到飓风袭击，300艘战舰大半沉入海底，2万多士兵葬身鱼腹:陆军在色雷斯一带又遭到当地人民的坚决抵抗，损失很大，被迫折回。大流士第一次远征希腊以失败而告终。次年，大流上派使者去希腊各城邦索取“土和水”，意思是要希腊无条件投降。面对这种讹诈和霸权，有些城邦屈服了，但雅典和斯巴达两个最有影响的城邦坚决项住了波斯的压力，斯巴达将波斯便者丢到了水里，雅典人把波斯使者抛进深渊。消息传到波斯大流士暴跳如雷。每当吃饭时，他都要命令每个仆人必须三呼:“皇帝请记住雅典人!”
公元前490年，波斯军队在雅典城东北约40公里的马拉松平原登陆了。处境险恶的雅典，一面紧急动员部队加强戒备，一面由军事执政官卡利马科斯主持召开紧急军事会议。军事执政官卡利马科斯被竭力主张出击的米太亚得将军打动了，他作出关乎希腊命运的决定，雅典军队开赴马拉松平原，与波斯进行决战。米太亚得被推选为总司令官。11000名雅典军人在广场上举行了誓师大会，米太亚得动情地对将士们说:“雅典是永远保持尊严和自由，还是戴上奴隶的枷锁，关键就在你们身上。”这铿锵有力的话语，更加坚定了将士们保家卫国的决心。誓师大会开过后，队伍排成四路纵队出发了。

就在部队出发前，米太亚得派菲迪皮茨火速前往200公里外的斯巴达求援。菲迪皮茨是年底火炬长跑赛的冠军，雅典城有名的飞毛腿。他只用了一天多的时间就赶到了斯巴达，恳求帮助。斯巴达人说“要等月圆过后约10天，才能出兵”，因为斯巴达全国正举行重要的宗教祭祀活动。按照惯例，他们必须在祭祀活动结束后才能出兵。雅典人听到这消息后并不气馁，决心依靠自己的力量抗击敌人。
米太亚得明白，在敌强我弱的情势下如果与敌人硬拼，那等于是以卵击石，自取灭亡，因此必须设法用计取胜。于是，他命令部队在山上地扎营，守住通往雅典的去路，并把战线稍稍拉长，精锐步兵布置在两翼，中间用方阵重甲兵挡住波斯骑兵的进攻，然后争取有利时机从两翼包抄过去，以异军突起来克敌制胜。
当雅典军队从正面冲向波斯人的阵地时，波斯人起先吃了一惊，但后来却发觉，冲下来的希腊士兵人数这样少，就首先发动进攻，很快突破了希腊军的中央阵线。希腊军则且战且退，佯装败下阵去。
就在波斯军骄纵得意之际，埋伏在南北两坡的希腊精锐部队突然从两侧杀声震天地冲下来夹攻波斯军。波斯军由于追击希腊军而拉长了战线，弄得三面受敌，溃不成军，慌忙败退，战场上尸体狼藉，血流成河。
米太亚得为了迅速地把胜利的喜讯报告给雅典城内的公民们，又选中了菲迪皮茨去完成这一光荣使命。这位快跑能手带着战后还未揩净的血迹和满身的创伤，以最快的速度从马拉松跑到雅典中央广场，当人们听到胜利消息欢呼时，菲迪皮茨却因创伤和疲惫过度倒在地上牺牲了。

在马拉松战役中，为数不多的雅典战士打败了好几倍于他们的波斯军队，这是希腊人取得反波斯侵略的第一次重大胜利，也是历史上反侵略战争中以少胜多的一个突出例子。它对希波战争后来各个战役的胜利有着不可低估的影响。原先已向大流士表示臣服的希腊城邦现在又重新宣布独立，巴比伦、埃及等地也毫不示弱，掀起了反抗波斯统治的斗争。

为了纪念马拉松战役和菲迪皮茨，1896年在雅典举行的奥林匹克运动会上，规定了一个新的竞赛项目:运动员从马拉松开始，大体沿菲迪皮茨当年跑过的路线到达雅典，全程为40公里。1908年举行第四届奥运会时，因英国王族要观看马拉松赛，遂将该次马拉松长跑起点设在温莎宫广场，终点止于伦敦白城运动场王族看台前，全程为42.195公里，这就是今天马拉松长跑的由来。

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